浙江中医药大学第二临床医学院的前身是筹建于2000年的浙江中医学院医学系，2004年与浙江省新华医院（其前身为浙江省建工医院）实行院系合一的办学模式，成立浙江中医学院医学系，2006年随着学校更名为大学和机构调整，设立浙江中医药大学第二临床医学院。自2010年12月份始，学校实行研究生临床学科学位点平行管理，我院开始承担起研究生的招生及培养工作。现设有临床医学、中医学、中西医结合三个一级学科共26个专业的硕士学位点和中医学、中西医结合两个一级学科共8个专业的博士学位点，第二临床医学院、杭州市综合性医院、同德医院、省内外人民医院导师及所指导研究生归口于我院管理。目前我院拥有雄厚的师资力量，包括省内各地多个学科的著名专家90余名，在校硕士研究生237人，博士研究生17人。