第二临床医学院现共有各类学生社团组织8个，分别为：
1）医之初协会，是创建于2002年10月的科研学术类社团。本学年为成立十周年。协会以调动学生医学兴趣，增强学生理论知识，提高学生实践能力，培养学生科研素质，配合学校未来发展的需求为宗旨，曾获得校五星级社团，浙江省高校优秀学生社团等荣誉。2）研医路协会，是在浙江中医药大学第二临床医学院院领导、院团委指导下的，以“务实、创新”为宗旨，以共享健康为目标，联合新华医院参与糖尿病综合防治工程的活动，激发学生科研兴趣为主要任务的校B类五星级社团，多年来在学校领导的关心下茁壮成长，取得了许多成绩。
3）棋牌协会，成立于1995年，为校四星级社团，属于文体类。本着“以棋会友，丰富校园生活”的宗旨，为广大棋友提供了互相交流的平台，同时今年我们还将对棋文化进行一定的普及，让更多的人来学习围棋、象棋，了解更多的中国文化
4）数独协会，成立于2008年，至今已有四年历史，是一个四星级社团，属于学术科技类。协会积淀了丰富的文化内涵，传播了数独的文化知识为宗旨。让同学们了解了数独，更在数独中体验到了思考与比赛的乐趣。
5）篮球协会，是以增强体质、促进交流、发展院篮球事业、增进友谊为宗旨。是体现学生体育风貌的一个重要标志，拓展了社团的意义和范围，是学院精神文明建设，为全院学生提供了锻练和交流机会,极大地丰富了我院的文化生活。
6）青云话剧社，于2007年申请成立，已经走过了四个春秋，目前是一个4星级社团，在这里同学们施展自己的才华，实现自己的表演梦。当然我们需要各种人才，各种给力，不仅仅只是要演员，在这里，你能参与到很多的活动，认识众多的社友，让你的大学生活多了美好的回忆。
7）社会主义研讨会二临分会，为了充分调动同学们学习社会主义先进理论知识的积极性，加强对时政的了解，对国家和人民的关注。努力提高我们学院学生的思想道德修养，政治觉悟和实践创新能力，理论联系实际，营造学院理论学习的浓厚氛围。
8）口腔保健协会，以共享口腔健康为目标，是一个积极参与口腔保健宣传的学术科技类的社团。协会结合口腔保健的学术研究和讨论，致力于将协会打造成为服务型、学术性、创新型为一体的社团。
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