浙江中医药大学第二临床医学院前身是浙江中医学院医学系。2006年5月起，更名为浙江中医药大学附属第二临床医学院，与附属第二医院（浙江省新华医院）实行“院院合一”管理模式。医（学）院现为国家和浙江省三级甲等中西医结合医院、全国重点中西医结合医院、国家中医药传承创新重点中医医院、国家中医临床研究基地建设单位和国家中医药传承创新中心建设单位。

以高水平人才队伍建设为核心，建成一流学科。医（学）院现有教职员工1700余人，国家级8人次，省部级人才28人次，包括国家级科学家1人、全国名中医1人、岐黄学者2人、浙江省国医名师2人、浙江省名中医6人等。建有国家中医优势专科5个（风湿病科、肺病科、外科、肝病科、急诊科），国家中西医协同“旗舰”科室3个（脾胃病科、骨伤科、脑病科），国家临床重点专科2个，国家中医药管理局重点学科3个，国家重大疑难疾病中西医临床协作项目4项，浙江省中医优势专科联盟牵头组长单位2个（急诊科、外科），浙江省中医药重点学科7个，浙江省中医药重点专科10个等。

以科研成果助力教学发展，培养一流人才。医（学）院近年来主持国家级课题70余项、省部级课题130余项，获得国家科技进步二等奖1项，省部级科研奖励24项。拥有省部级、厅局级重点实验室、研究所及创新平台5个，建有厅局级重点实验室、创新团队4个，院级科创中心及实验平台面积逾5000m2。医(学）院承担2个博士点，3个一级硕士点、26个二级硕士点及临床医学、中西医临床医学本科的教学管理工作，建有2个博士后流动站。临床医学专业为国家和浙江省一流专业，临床医学学科ESI排名进入世界前3‰。中西医临床医学专业为浙江省一流专业建设点。现有硕士生导师288人，博士生导师41人，在读本科生2047人，研究生790名，博士后9名。建设有国家中医医师规范化培训基地、美国心脏协会心血管急救培训中心（AHA）。大力开拓全省多学科多层次教学基地建设，拥有实习医院和社区实践基地40余家。

以学生工作助推团学成果，提高学子综合素质。近年来，学院升学成果显著，本科生考研录取率逐年攀升，连续九年位居全校第一；2024年，学院执业医师考试通过率达96.45%，位居全国前列，升学人数与质量均创新高。围绕立德树人根本任务，重视对青年学生的思想引领，先后获得校级红旗团支部、模范学生会等荣誉称号；注重学生理论与实践能力结合的培养，2023年我院学子学生获国家大学生创新创业训练计划项目9项、浙江省大学生科技创新计划项目（大学生新苗人才计划项目）8项、各类省级及以上比赛获奖49项，其中国家级赛事奖项7项，省级赛事奖项42项，其中“挑战杯”揭榜挂帅专项赛获国家一等奖，实现学院创新创业的重大突破。学院高度重视学生的国际交流与培养，通过线上线下结合的形式，与境外专家学者、学生积极开展学术交流，组织优秀学生参加境外交流学习。

二十多年来，医（学）院始终坚持立德树人根本任务，遵循服务国家和地方重大发展战略，服务国家和浙江卫生健康需求，坚持中医药特色办学，以产出为导向，培养出一批具备中医药特色底蕴的，能适应浙江医疗卫生事业发展和人民群众健康需求，在各级医疗卫生机构开展安全有效的医疗实践和高素质临床医学（中西医结合）医学人才。